Sitio AP

En bioquímica e xenética molecular, un sitio AP (sitio apurínico/apirimidínico), tamén chamado sitio abásico, é un lugar do ADN (ou tamén do ARN pero moito menos probablemente) que non ten nin unha base purínica nin pirimidínica (falta unha base), xa sexa por causas espontáneas ou debido a danos no ADN. Estimouse que en condicións fisiolóxicas poden xerarse uns 10.000 sitios apurínicos e 500 apirimidínicos diaraimente nunha célula.

Os sitios AP poden formarse por despurinación espontánea, pero tamén ocorren como intermediarios da reparación por escisión de bases. Neste proceso, a ADN glicosilase recoñece unha base danada e corta o enlace N-glicosídico para liberar a base, deixando un sitio AP. Existe unha variedade de glicosilases que recoñece diferentes tipos de danos, incluíndo bases oxidadas ou metiladas, ou o uracilo no ARN. O sitio AP pode despois ser cortado por unha endonuclease AP, deixando extremos 3' hidroxilo e 5' desoxirribosafosfato (ver estrutura do ADN). De modo alternativo, glicosilase-liases funcionais poden cortar o sitio AP, deixando un 5' fosfato adxacente a un 3' aldehido α,β-insaturado. Ambos os mecanismos forman unha rotura de febra simple, que é despois reparada por reparación por escisión de bases de parche curto ou de parche longo.

Se se deixan sen reparar, os sitios AP poden orixinar mutacións durante a replicación semiconservativa. Poden causar que quede estancada a forcada de replicación e son sorteados por medio de síntese translesión. En E. coli, insírese preferentemene a adenina desde os sitios AP, o que se coñece como "regra da A". A situación é máis complexa nos eucariotas superiores, con diferentes nucleótidos que se utilizan preferentemente dependendo do organismo e as condicións experimentais.